本院之組織及功能，首在反映組織本身的定位及環境之變化，並期透過策略發展的重點選擇，達到資源合理分配。同時，亦須明確界定部門間業務運作的區隔與關聯，俾期降低協調成本並提升運作效率，逐步建構均衡業務發展及充分發揮各部門專精之效益。
本院之組織架構詳如附圖所示：
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董事會、董事長
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院長、副院長、院務委員
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金融研究所：
- 金融實務、理論及政策相關主題之研究。
- 金融研究相關研討活動之規劃與舉辦。
- 金融統計及法規等金融研究資訊彙編管理。
- 館藏及線上書刊資料之管理。
- 金融研究相關刊物編撰。
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金融訓練發展中心：
- 舉辦金融教育訓練，培訓金融各階主管及經營專才。
- 培育金融專業師資，開發新種金融訓練課程及教材。
- 接受各機構委託 企劃執行人才培育、研習、考察、諮詢服務。
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海外業務發展中心：
- 拓展海外合作網路，行銷本院品牌、產品或服務。
- 與海外機構合作，引進相關資源，以及提供其他部門國際商情資訊。
- 接受各機構委託企劃執行國際人才培育、海外研習、考察、諮詢服務。察、諮詢服務。
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金融測驗中心：
- 辦理各項金融專業能力測驗。
- 接受委任或代理辦理國、內外各類測驗事宜。
- 經營就業服務業務：國內職業介紹或人力仲介業務、接受委任招募員工、就業諮詢或職業心理測驗 ，以及其他經中央主管機關指定之就業服務事項。
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傳播出版中心：
- 出版發行及銷售雜誌與各項出版品。
- 辦理普惠金融教育與知識宣導。
- 媒體經營、公共關係維護，以及本院整體品牌形象經營。
- 經營金融廣場及網路書店。
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客戶服務中心：
- 執行本院各項研訓活動之 行銷、報名及 現場服務作業。
- 各項教學設備之 操作、 維護管理。
- 執行客戶關係管理業務，並擔任客戶服務窗口。
- 舉辦公益相關活動。
- 執行本院場地設施出租業務。
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管理處：
- 會計及稅務事項之處理，預算及決算之審核及編列。
- 營運資金之調撥及運用，各項費用之收付。
- 財產物品之採購、驗收、管理、修繕及車輛調度。
- 公文、表單之收發及管理，會議議程及紀錄製作。
- 人力資源業務之研擬與執行。
- 主管機關、立法院資料提供窗口。
- 本院組織、部門職掌調整之研擬及建議，重大專案之規劃、執行與管考及跨單位之綜合企劃事項。
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資訊處：
- 資訊政策訂定及治理。
- 資訊作業計畫及預算之整體策略規劃、管理及執行。
- 資訊業務之綜合規劃、管理及執行。
- 資訊安全之推動、管理及執行。
- 其他有關資訊服務事項。
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研訓指導、委員會
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基金運用管理、督導委員會
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人力資源、管理委員會
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監察人會、監察人會主席